מחלת חיסון עצמי - מחלה אוטואימונית היא מחלה אשר תאי מערכת החיסון של האדם אינם סבילים ותוקפים תאים ורקמות של הגוף עצמו.
עפי"ר ברקמות הנפגעות מתקיפה אוטואימונית כזו מתגלה חדירה של לימפוציטים מסוג T (הנוצרים בבלוטת התימוס ולא במוח העצם), אשר הורגים תאי רקמה וגורמים לנזקים שונים. לא ידועה הסיבה להתנהגות זו של מערכת החיסון, גורמי המחלה אינם ידועים.
מחלות חיסון עצמי הן מחלות ללא מענה רפואי הולם ויכולות להביא למוות. הטיפול הוא בעיקר לשם הקלה על התסמינים.
המחלות כרסת (צליאק) וטרשת נפוצה - הן מחלות חיסון עצמי. בצליאק למשל, כאבי הבטן נוצרים כתוצאה מתקיפת מערכת החיסון את תאי המעי.