אנטיגן (antigen) הוא מולקולה - עפי"ר חלבון (אם כי אין הכרח בכך) אשר מעוררת את מערכת החיסון לתגובה ויצירת נוגדנים
האנטיגן משמש גם לסימון תאים שונים במחקר בביולוגיה.
המנגנון פועל באופן שהגוף מזהה את המכלול התאי הכולל את האנטיגן כ-זר וכתוצאה תאי מערכת החיסון מתחילים לפעול נגדו.
קיימת הבחנה בין אנטיגנים שחדרו אל הגוף מבחוץ, כמו באכילה, נשימה, בפציעה או הזרקה. ובין אנטיגנים "תוך תאיים" שהם תוצאה מטבולית או מזיהום או וירוס.
ה"אלרגן" הוא אנטיגן המעורר אלרגיה, (תגובתיות יתר כושת של מערכת החיסון כנגדו).