אגן ירוק הוא סביבה מלאכותית, המבוססת על חומרים ותהליכים טבעיים כמו מים וצמחים במטרה לטהר מי שפכים.
באגן הירוק - הסביבה עשירה בצמחיה ורוויה במים, מדידות הראו כי במי שפכים המוזרמים לסביבה זו העוברים דרך גופי מים טבעיים ירוקים ניכרת ירידה בריכוז המזהמים. וכן כתוצאה מתהליכים טבעיים של שקיעת מוצקים, פירוק ביולוגי (ע"י חידקים ואורגניזמים שונים), חימצון וסינון, מתקבל בסה"כ תהליך של טיהור והשבחת השפכים.
הרעיון להקים אגנים ירוקים, התפתח במחצית השניה של המאה ה-20, בשל בעיית הכמות ההולכת וגדלה של שפכים הנובעת מגידול האוכלוסיה.
בישראל קיימים מפעלי ענק לטיפול בשפכים, כמו השפד"ן בגוש דן, עם זאת באזורים דלילי אוכלוסיה ואזורים מרוחקים מהמרכז, הטיפול בשפכים בעזרת אגנים הירוקים נראה כמתאים.