מולקולה - (גם פרודה, בעברית), קבוצה של כמה אטומים המחוברים בניהם בקשר כימי.
אפשר שמולקולה תהא הרכב של אטומים זהים כמו - שני אטומי חמצן המחוברים בקשר כימי זה לזה ומסומנים O2.
במקרים מורכבים יותר, המולקולה היא אוסף של הרבה יסודות, המקיימים בניהם דפוסי קשר החוזרים על עצמם - כמו בשרשרות פחמן-מימן שונות, למשל דלק, נפט או סוכר.
במולקולה אחת של DNA (שהיא חומצת גרעין הנושאת את כל המידע הגנטי של יצורים חיים), יכולים להיות מעורבים מאות אלפי ואף מליוני אטומים של חומרים שונים.
את המולקולות מתארים ע"י נוסחה אמפירית, המתארת את היחס הכמותי בין האטומים המרכיבים אותה. למשל, הנוסחה של המים היא H2O - לפי נוסחה זו מתואר יחס המרכיבים במולקולת המים - שני אטומי מימן מחוברים לאטום חמצן אחד.
חקר המבנה המרחבי של המולקולות, הוא ענף בכימיה הנקרא סטריאוכימיה.