פפסין (Pepsin) הוא אחד מהאנזימים המצויים בקיבה.
לפפסין תפקיד חיוני בתהליך פירוק החלבונים המצויים במזון, דרך פעולתו של האנזים היא קיטוע ופירוק החלבונים ליחידות גדולות אשר מכונות פפטונים.
תהליך היווצרותו של הפפסין בקיבה הוא מפעולה של חומצה מלחית (HCl) על הפפסינוגן (שהוא אנזים בצורה לא פעילה) אשר מופרש ע"י בלוטות הקיבה.
הפפסין לאחר שנוצר משמש במנגנון של משוב חיובי אף כזרז לתהליך יצירתו שלו.