השיטפון במדבר הוא ארוע של זרימה שופעת ופתאומית של מים רבים בואדיות ובאפיקים אשר בדרך כלל הם יבשים, מי השטפונות חורצים את האדמה ומהווים מרכיב חשוב בעיצוב תואי השטח וצורתו.
השיטפון הוא ארוע דרמתי ומסוכן לשוהים באזור - מטיילים ועוברי דרך.
פעמים אחדות בשנה מתחוללים שטפונות בישראל בעיקר במדבר יהודה ובנגב אשר הם בעלי עוצמה רבה ומסוגלים לסחוף מכונית מדרכה, להציף מעברים בכביש ולהסב נזק רב.
השיטפון המדברי נגרם כתוצאה מחוסר חלחול של המים אל תוך הקרקע, אדמת המדבר נרטבת, מתקשה ואינה מסוגלת לאפשר מעבר מים בחילחול, כך - מי הגשם זורמים על פני השטח. ומזרזיפי מים קטנים מצטברים זרמים גדולים יותר ההולכים וגדלים עם תוספת המים שאינם מחלחלים וזורמים אל הנחלים. כמות הגשמים וגודל אגן הניקוז הם הגורמים המשפיעים על עוצמתו של השיטפון. באגני ניקוז גדולים, מצטרפות זרימות מים מנחלים רבים וכך הזרימה שם חזקה ביותר.